Adoptada por Constance y John William Winterson el 21 de de 1960, una pareja evangélica, creció en Accrington, Lancashire. Educada en la Iglesia Pentescostal Elim, de niña quería ser una misionera y ya a los seis años escribía sermones.
Cuando a los 16 años le dijo a su madre que amaba a una mujer, esta le dio dos opciones: “O te vas de esta casa y no vuelves nunca más o dejas de ver a esa chica”. Jeannete abandonó el hogar, y esta experiencia la reflejaría más tarde en su ópera prima, Fruta prohibida, que publicó a sus 24 años. Después, en 1990, la novela sería adaptada por la BBC para una miniserie con guion de la autora.
A esta novela le han seguido más de una veintena de obras en las que trata frecuentemente el tema de la homosexualidad femenina o lesbianismo. Se la considera una de las mejores escritoras anglosajonas de la época contemporánea.
Winterson tuvo una relación de 12 años con la presentadora de la BBC Peggy Reynolds, que terminó en 2002, luego estuvo cerca seis años, hasta 2007, con la directora de teatro Deborah Warner, y después, a partir de 2009, con la escritora feminista Susie Orbac. Antes, en los años 1980 mantuvo una relación sentimental con la agente literaria Pat Kavanagh —que llegó a dejar a su esposo, el escritor Julian Barnes, aunque después regresó a su lado—, la que le habría inspirado su novela La pasión (1987).
Fue condecorada en 2006 con la Orden del Imperio Británico. Colabora en forma asidua con publicaciones periódicas de su país.
